Нанопоровое секвенирование плазмид

Преимущества секвенирования плазмид с использованием технологии определения последовательности ДНК третьего поколения (Nanopore): Нет ограничений по длине прочтения; Секвенирование не требует этапа ПЦР и подбора праймеров; За один запуск можно получить точный сиквенс всей плазмиды; Возможность секвенирования участков, недоступных для прочтения методом Сэнгера (например, последовательности AAV ITR, длинные повторы, «шпильки»). ЗАКАЗ ON-LINE

Результаты

Результаты отправляются на электронную почту (в заявке можно указать несколько адресов) в виде ссылки на архив.

Для каждого образца будут переданы материалы:

• Полный сиквенс плазмиды в формате .fasta;
• График равномерности покрытия секвенирования (coverage plot) в формате .png;
• Последовательность ДНК с оценкой точности (quality scores) для каждого нуклеотида в формате .fastq;
• Отсортированные выровненные прочтения в формате .bam.

Дополнительная информация может быть предоставлена по запросу.

Пример результатов секвенирования Скачать (zip)

Размещение заказа

Для оформления заказа, пожалуйста, заполните online-форму и приложите к образцам распечатанную заявку (файл для печати будет доступен на финальном этапе заполнения формы. После оформления заказа заявку также можно будет скачать на странице "История заказов").

Критерии качества передаваемой плазмидной ДНК:

Для успешного выполнения работ передаваемая плазмида должна соответствовать следующим требованиям:

• Соотношение 260/280: 1.8–2.0;
• Соотношение 260/230: 2.0–2.2;
• Концентрация: 100–500 нг/мкл;
• Минимальный объем для плазмид длиной:
       <30 кб — 15 мкл;
       30–150 кб — 30 мкл;
       >150 кб — 50 мкл.
• Целостность плазмиды и отсутствие РНК должны быть оценены по электрофорезу в агарозном геле.

Перед секвенированием мы бесплатно выполняем предварительный контроль качества присланной матрицы. При обнаружении отклонений выполнение заказа приостановливается для обсуждения всех деталей и рисков.

Выделение плазмидной ДНК производится только из образцов бактериального происхождения. Вы можете предоставить бактерии в агарозной среде на чашках или других носителях. Во избежание замораживания образцов с живыми бактериями указывайте на упаковке: "Хранение: +4 °С".
Пожалуйста, обратите внимание, что мы не принимаем условно-патогенные, патогенные организмы и организмы из неизвестных источников.

Требования к предоставляемым материалам и образцам

Отправка образцов

Возможные способы отправки образцов:
• передать с курьером;
• принести в любой пункт выдачи/приема заказов СДЭК;
• оставить на ресепшен Евроген по рабочим дням с 9:00 до 19:00.

Подробная информация о том, как нас найти представлена по ссылке.

Для оформления курьерской отправки образцов вы можете написать нам на sequence@evrogen.ru или
самостоятельно отправить образцы через СДЭК (курьером или принести в любой пункт выдачи/приема заказов).

Отправляемые образцы утилизируются после выполнения работ и не подлежат возврату.

Ограничения метода

Несмотря на возможность прочтения сверхдлинных фрагментов, нанопоровое секвенирование имеет ограничения. В единичных случаях возможны ошибки при прохождении протяженных гомополимерных трактов и повторяющихся участков (например, одинаковых промоторов, экспрессионных кассет и т.д.).